pyXLMS

• pyXLMS package
  • Submodules
  • pyXLMS.constants module
    • AMINO_ACIDS
    • AMINO_ACIDS_1TO3
    • AMINO_ACIDS_3TO1
    • CROSSLINKERS
    • MODIFICATIONS
    • SCOUT_MODIFICATION_MAPPING
    • XI_MODIFICATION_MAPPING
  • pyXLMS.data module
    • check_indexing()
    • check_input()
    • check_input_multi()
    • create_crosslink()
    • create_crosslink_from_csm()
    • create_crosslink_min()
    • create_csm()
    • create_csm_min()
    • create_parser_result()
  • pyXLMS.exporter module
  • pyXLMS.exporter_to_impxfdr module
    • to_impxfdr()
  • pyXLMS.exporter_to_msannika module
    • get_msannika_crosslink_sequence()
    • to_msannika()
  • pyXLMS.exporter_to_pyxlinkviewer module
    • to_pyxlinkviewer()
  • pyXLMS.exporter_to_xifdr module
    • to_xifdr()
  • pyXLMS.exporter_to_xinet module
    • to_xinet()
  • pyXLMS.exporter_to_xiview module
    • to_xiview()
  • pyXLMS.exporter_to_xlinkdb module
    • to_xlinkdb()
  • pyXLMS.exporter_to_xlmstools module
    • to_xlmstools()
  • pyXLMS.exporter_to_xmas module
    • to_xmas()
  • pyXLMS.exporter_util module
  • pyXLMS.parser module
    • read()
  • pyXLMS.parser_util module
    • format_sequence()
    • get_bool_from_value()
  • pyXLMS.parser_xldbse_custom module
    • pyxlms_modification_str_parser()
    • read_custom()
  • pyXLMS.parser_xldbse_maxquant module
    • parse_modifications_from_maxquant_sequence()
    • read_maxlynx()
    • read_maxquant()
  • pyXLMS.parser_xldbse_msannika module
    • read_msannika()
  • pyXLMS.parser_xldbse_mzid module
    • parse_scan_nr_from_mzid()
    • read_mzid()
  • pyXLMS.parser_xldbse_plink module
    • parse_scan_nr_from_plink()
    • parse_spectrum_file_from_plink()
    • read_plink()
  • pyXLMS.parser_xldbse_scout module
    • detect_scout_filetype()
    • parse_modifications_from_scout_sequence()
    • read_scout()
  • pyXLMS.parser_xldbse_xi module
    • detect_xi_filetype()
    • parse_modifications_from_xi_sequence()
    • parse_peptide()
    • read_xi()
  • pyXLMS.parser_xldbse_xlinkx module
    • read_xlinkx()
  • pyXLMS.pipelines module
    • pipeline()
  • pyXLMS.transform module
  • pyXLMS.transform_aggregate module
    • aggregate()
    • unique()
  • pyXLMS.transform_filter module
    • filter_crosslink_type()
    • filter_proteins()
    • filter_target_decoy()
  • pyXLMS.transform_reannotate_positions module
    • fasta_title_to_accession()
    • reannotate_positions()
  • pyXLMS.transform_summary module
    • summary()
  • pyXLMS.transform_targets_only module
    • targets_only()
  • pyXLMS.transform_to_dataframe module
    • to_dataframe()
  • pyXLMS.transform_to_proforma module
    • to_proforma()
  • pyXLMS.transform_util module
    • assert_data_type_same()
    • get_available_keys()
    • modifications_to_str()
  • pyXLMS.transform_validate module
    • validate()
  • Module contents